Dalam usaha mengadakan pembaharuan pemerintahan di tanah jajahan, di Negeri Belanda ada dua golongan yang mengusulkannya.
1. Golongan konservatif dengan tokohnya Nenenberg menginginkan untuk mempertahankan sistem politik dan ekonomi seperti yang dilakukan oleh VOC.
2. Golongan liberal dengan tokohnya Dirk van Hogendorp menghendaki agar pemerintah Hindia Belanda menjalankan sistem pemerintahan langsung dan menggunakan sistem pajak. Sistem penyerahan paksa yang dilakukan oleh VOC agar digantikan dengan sistem penyerahan pajak.
Dengan adanya dua pandangan ini maka pemerintah Belanda mengambil jalan tengah. Di satu pihak pemerintah condong kepada pemikiran kaum konservatif karena kebijaksanaannya akan mendatangkan keuntungan yang cepat dan mudah dilaksanakan. Di pihak lain, pemerintah juga ingin menjalankan pembaharuan yang dikemukakan oleh kaum liberal. Gagasan pembaharuan pemerintahan kolonial dimulai semenjak pemerintahan Daendels.
Sejak Belanda dikuasai oleh Prancis maka Kaisar Napoleon yang memimpin Prancis mengangkat adiknya Louis Napoleon menjadi penguasa di Negeri Belanda. Louis Napoleon merasa khawatir akan keberadaan Pulau Jawa yang merupakan jantung jajahan Belanda di Indonesia jatuh ke tangan Inggris. Oleh karena itu, Louis Napoleon segera mengirimkan seorang militer, Herman Willem Daendels ke Indonesia (Pulau Jawa) sebagai gubernur jenderal.
Pada tanggal 1 Januari 1808 bersama ajudannya mendarat di Banten. Pada tanggal 15 Januari 1808, Gubernur Jenderal Wiese menyerahkan kekuasaannya kepada Daendels. Kedatangan Daendels ke Indonesia sebagai gubernur jenderal mempunyai dua tugas. Pertama, mempertahankan Pulau Jawa agar tidak jatuh ke tangan Inggris. Kedua, memperbaiki keadaan tanah jajahan di Indonesia. Untuk mempertahankan Pulau Jawa dari serangan Inggris, Daendels mengambil langkah-langkah kebijaksanaan. Adapun langkah-langkah tersebut adalah:
1. membuat jalan raya dari Anyer sampai dengan Panarukan
2. mendirikan benteng-benteng pertahanan;
3. membangun pangkalan angkatan laut di Merak dan Ujung Kulon;
4. mendirikan pabrik senjata di Semarang dan Surabaya;
5. memperkuat pasukan yang anggotanya terdiri atas orang-orang Indonesia.
Selain usaha-usaha dalam bidang pertahanan kemiliteran, di bidang pemerintahan Daendels mengambil tindakan sebagai berikut:
1) Pulau Jawa dibagi menjadi sembilan prefectur dengan tujuan untuk mempermudah administrasi pemerintahan.
2) Para bupati dijadikan pegawai pemerintah Belanda.
3) Perbaikani gaji pegawai dan memberantas korupsi.
4) Pendirian badan-badan pengadilan.
Usaha yang dilakukan Daendels banyak membutuhkan biaya. Untuk itu, Daendels menempuh jalan sebagai berikut:
1. Aturan penyerahan sebagian dari hasil bumi sebagai pajak (contingenten) dan aturan penjualan paksa hasil bumi kepada pemerintah dengan harga yang telah ditetapkan pemerintah (verplichte leverantie).
2. Pelaksanaan kerja rodi (seperti pembuatan jalan Anyer-Panarukan).
3. Penjualan tanah kepada orang-orang partikelir (orang Belanda atau Cina, sehingga lahirlah tanah-tanah milik swasta (particuliere landerijen).
4. Perluasan tanaman kopi karena hasilnya menguntungkan.
Daendels sebenarnya seorang liberal, tetapi setelah tiba di Indonesia berubah menjadi seorang diktator yang bertindak kejam dan sewenang-wenang. Akibatnya, pemerintahannya banyak menimbulkan kritik, baik dari dalam maupun dari luar negeri, akhirnya Daendels dipanggil pulang ke Negeri Belanda.
Louis Napoleon kemudian mengangkat Jansen sebagai gubernur jenderal yang baru menggantikan Daendels. Jansen ternyata tidak mampu menahan serangan Inggris sehingga menyerah di Tuntang. Ia pun menandatangani penyerahan kekuasaan itu di daerah Tuntang Salatiga. Oleh karena itu, perjanjian itu dikenal dengan nama Kapitulasi Tuntang (18 September 1811). Isi pokoknya ialah seluruh Pulau Jawa menjadi milik Inggris. Sejak saat itu, Indonesia menjadi jajahan Inggris.
